药物是指平常的医疗用药。许多人在三代助孕中还是会生病，如肠胃炎、感冒、皮肤病等等，生病的时候还是得服用药物，而且常是多种药物。国外有统计指出，90%的三代助孕仍会使用药物，而且大多数药物会经过胎盘进入胎儿体内，因此，三代助孕一定要对药物的影响有基本的了解。一般而言，医师对于三代助孕三代试管助孕用药是根据药物的分类来判定对胎儿的影响有多大。

　　临床上依照危害程度将药物分成五级，包括A、B、C、D、X级五种。试管助孕“A级”表示对人类胎儿没有影响；“B级”表示对动物可能有影响，但对人类没有影响；“C级”表示对动物有影响，但人类的影响尚不清楚；“D级”待孕对人类有影响，但是如果用药之后的好处比对胎儿的伤害大时，仍然可用。例如许多治疗癫痫的药物，三代助孕有癫痫时非用此类药物不可，抗甲状腺素的药物也是代理孕母如此；“X级”是确定对人类有影响，而且超过任何可能带来的好处，所以不能使用。完全不能用于三代助孕的药物，如一些抗癌的药，一些精神科用药、安眠药等等。所以在选择用药的时候，必须考量是哪一种类型的药及药名，而且要加以纪录，并先告知医师自己三代助孕，或于三代助孕后与妇产科医师说明自己的用药情形。

　　有些治疗青春痘的用药会造成小耳、小下巴、心脏、甲状腺及脑部之异常，不可不慎，合成的女性荷尔蒙可能造成女胎的阴道增生甚至生殖器畸形。对患有癫痫症的妇女在三代助孕前，必须先转换成安全的药物之后再三代助孕，因为要适应癫痫症的药通常必须使用一段时间后，才算成功，如果在三代助孕后再换药可能会出现不适应的症状，因此在改换成比较安全的药物前，先不要三代助孕较好。另外还有一些抗血液凝固的药物或降血压的药物，在三代助孕过程中若要使用都必须谨慎小心。

　　以降血压的药物为例，如果使用不当，容易造成羊水过少、肾脏畸形或衰竭、肺部的发育不全、骨骼的发育不全、胎儿生长迟滞甚至造成胎儿死亡。精神科药物例如抗忧郁药物的锂盐，会造成严重的胎儿先天性心脏缺陷，所以在治疗忧郁症时也要谨慎用药。

　　一般来说，安眠药在三代助孕中是不可使用的，因为安眠药可能会造成胎儿中枢神经及生长的异常，最好是等到不需要依赖这些药物时再三代助孕比较好。